La base Stargate recibe la visita de embajadores de Kelowna, el planeta natal de Jonas Quinn. Los extraterrestres explican que dos naciones rivales, con las que han estado en conflicto durante siglos, están a punto de firmar un pacto de no agresión. Creen que será el preludio de una guerra con Kelowna. Por eso, a cambio de naquadria, ellos piden ayuda militar, ya que su mundo es tecnológicamente más retrasado. El gobierno de los EEUU acepta el pacto. El doctor Kieran, que forma parte de la expedición y que es el antiguo mentor de Jonas, le explica en secreto que él forma parte de una resistencia secreta que tiene como objetivo conseguir el poder con un golpe de estado. Dice que la población está harta de conflictos y que los gobernantes ya no escuchan al pueblo. Por eso, le tiene que ayudar para terminar el conflicto para siempre sin usar la bomba de naquadria que acaban de crear.
En Kelowna, el SG-1 conoce a los líderes y están desesperados, ya que creen que se están enfrentando a su propia aniquilación. Es entonces cuando el doctor Kieran les crea un dilema: les implora de que ayuden a la Resistencia y les explica su plan.
El equipo militar SG-1 tiene la misión de explorar el universo a través de las puertas estelares, unas aperturas en el espacio hechas con un metal inexistente en la Tierra llamado Naquada que permite transportar instantáneamente todo lo que pasa a través de ellas a cualquier parte.
En esta sexta temporada destaca la ausencia del personaje del arqueólogo Daniel Jackson, uno de los miembros clave del SG-1, que se encuentra en estado de coma. Aunque sus compañeros humanos no lo acaban de aceptar ya que se niegan a reemplazar a Daniel, su puesto será ocupado por el extraterrestre Jonas, interpretado por Corin Nemec (''El imperdible Parker Lewis''), quién ha memorizado todo el trabajo de Jackson y quiere continuar su trabajo en el SG-1. El único apoyo que recibirá en un principio será el del Jaffa Teal'c, que en esta temporada tendrá problemas con su hijo Rya'c, un adolescente que le culpa de la muerte de su madre.
La serie está basada en la película ''Stargate'' (1994), dirigida por Roland Emmerich y que tuvo un éxito discreto. Al contrario que la serie, que se ha convertido en una de las producciones de ciencia-ficción recientes más populares.
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